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可以利用殼聚糖分子上的OH和-NH2：發生化學反應制備具有抑菌活性的N，O-羥甲基化殼聚糖，其中相對分子質量對抑菌活性有影響，如隨相對分子質量的降低抑菌活性增強，相對分子質量低于5000時，材料對金黃色葡萄球菌抑制殺滅。殼聚糖溶于酸后，糖鏈上的-NH2與H+、結合成強大的正電荷陽離子基團，非常有利于改善酸性體質。

甲殼素和殼聚糖的溶解性較差，在水、普通的有機溶劑中溶解性均不好，這大大制約了這類材料的應用，然而甲殼素和殼聚糖分子鏈上具有多種官能團，可以對其重復單元進行化學改性，引入不同基團，得到溶解性能改善的衍生物材料，同時因為引入了不同的取代基而使甲殼素和殼聚糖衍生物材料具有各異的功能。利用殼聚糖可溶于稀酸溶液的性質可以對殼聚糖進行均相溶液反應，在不同的反應條件下，可以對重復單元中的羥基和氨基及分子鏈進行硅烷基化、酰化、羥基化、接枝共聚、烷基化、羧基化、主鏈水解等化學反應。