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主鏈水解

單糖

甲殼素和殼聚糖主鏈水解制備單糖的主要途徑是化學法。對甲殼素和殼聚糖進行水解得到的最終產物是D-氨基葡萄糖單糖，D氨基葡萄糖單糖具有刺激蛋白多糖合成、輔助等功能。N-乙酰氨基葡萄糖具有、促進雙歧桿菌生長、改善微生態環境、和預防等功能。甲殼素用熱的濃鹽酸水解可得到D-氨基葡萄糖鹽酸鹽，用乙酸水解可得到N-乙酰基-D-氨基葡萄糖。

低聚寡糖

甲殼素和殼聚糖的部分水解產物是低聚寡糖。化學法中通常用酸和過氧化物進行降解。如用鹽酸控制條件可得到5至7糖。在適宜條件下用亞硝酸鈉進行降解可得到3糖。相對分子質量分布較窄的低聚物可以采用首先將殼聚糖與銅進行配位反應，然后用過氧化氫降解的方法制備。

酶水解法是以甲殼素和殼聚糖為原材料制備低聚寡糖的一種主要方法，因為酶水解法具有專一性的特點，可以用來制備確定聚合度的低聚寡糖，尤其是高效制備二聚體以上的寡糖，如采用殼糖酶降解殼聚糖，可得到不含單糖的殼二糖到殼五糖的系列產物，這些產物再進行乙酰化可得N乙酰化甲殼寡糖。

低聚寡糖有的生理活性，在醫藥、食品、農業和化妝品領域已顯示出潛在實用價值。用纖維素酶來降解殼聚糖，得到的是六糖至十糖。用排阻色譜可將殼聚糖低聚混合物中聚合度為15的低聚糖分離出來。對低聚寡糖也可進行衍生化，如將殼三糖與三甲基縮水甘油氯化銨反應，所得目標化合物有非常強的活性。